El ANH continúa con el proceso de organización y clasificación de la documentación, la cual, para un mejor estudio se ha clasificado en:
1. Fondo Colonial (1605-1821). Es un fondo correspondiente a la época de conquista y colonización de los españoles, se encuentra dividido en:
- Documentos de la administración Colonial. Posee índice digital.
- Documentos de la Alcaldía Mayor (1659-1822). Posee índice impreso
2. Fondos del Siglo XIX y XX. Es un fondo que contiene información del período anterior y posterior a la independencia de Honduras, conformado básicamente por manuscritos. En este fondo se pueden encontrar lo siguiente:
- Documentos de la Provincia de Honduras (1821-1823). Posee índice impreso.
- Documentos de la Federación Centroamericana (1824-1839). Posee índice digital e impreso.
- Colección de Telegramas privados y públicos (1882- 1966). No posee índice
- Padrones Poblacionales de Honduras (1821-1897) Posee índice impreso.
- Correspondencia de Presidentes:
- Manuel Bonilla (1883-1913). Posee índice digital.
- Manuel Bonilla (1883-1913). Posee índice digital.
- Miguel R. Dávila (1903-1912). Posee índice digital
3. Impresos del Siglo XIX y XX. Es una colección que contiene, mapas, planos, información gubernamental y ministerial, conformado básicamente por documentación impresa. Este fondo cuenta con los siguientes recursos:
- Colección de acuerdos gubernamentales y ministeriales (1879-1993). Posee índice impreso.
- Libros copiadores (1824-1972). Posee índice digital e impreso.
- Informes, Memorias y Boletines (1851-2002). Posee índice digital e impreso.
- Actas municipales de Honduras (1900-2007). Posee índice digital e impreso
- Mapas y Planos. Posee índice digital e impreso.
4. Fondo Títulos de Tierra (1598-1989). Posee un índice digital y un índice publicado.
Este fondo está dividido en 16 de los 18 departamentos del país, exceptuando el departamento de Gracias a Dios y el de Islas de la Bahía. Comprende títulos de tierra que demarcan límites jurisdiccionales en Honduras. Este es el fondo que más avanzado se encuentra, respecto al proceso de clasificación, debido a que es uno de los más consultados. Cuenta con 3,758 expedientes de títulos de tierra.
| Titulo | Fecha | Volumen, Soporte, Página | Documentos Complementarios | Fechas Extremas | Resumen Contenido | Notas |
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