Este fondo lo constituyen todos los documentos producidos por las distintas oficinas del IHAH desde 1952 y a lo largo de su gestión institucional.
Actualmente, el AE reúne un total de doscientas cuarenta (240) cajas, distribuidas en treinta y cinco (35) estantes y ciento sesenta y seis (166) repisas, con un aproximado de 400.000 documentos. Entre la documentación producida se encuentra:
- Informes: de inspección, técnicos-científicos, de viaje, actividades.
- Investigaciones: arqueológicas, antropológicas, históricas, etnohistóricas, de etnobotánica, etc.
- Proyectos: de conservación, restauración, etc.
- Inventarios: de sitios arqueológicos, de bienes inmuebles, de bienes muebles.
- Dictámenes, Planes de trabajo, Censo, Convenios, Mapas, etc.
- Colección Multimedia: contiene ponencias, videos, documentales, etc. en formato de CD, DVD, VHS, Cassette y Diskette.
- FONDOC: Colección de documentos históricos. Se trata de fotocopias y transcripciones de documentos del Archivo General de Centroamérica (AGCA), Archivo General de Indias (AGI) y Archivo Nacional de Honduras (ANH) realizadas por el IHAH. Cuenta con 133 legajos de documentos coloniales y algunos del siglo XIX y principios del XX (1918).
- Documentos referentes al comercio maritimo en las costas de Honduras durante los siglos XVII y XVIII-AGI. Paleografía, transcripción y cotejamiento por la Unidad de Historia del IHAH.
- Fondo de documentos del centro penal de Omoa entre los años de 1920 a 1950.